pymol是可视化蛋白和小分子的好工具，有专业版本（付费）、教育版本（需要edu邮箱，不能用于出版，图片清晰度受限）、开源版本三种。一般开源版本最适合的。
pymol官网：https://pymol.org/2/
pymol开源版本：https://github.com/schrodinger/pymol-open-source
在win10上安装pymol，用conda比较方便：先安装conda，安装pyCharm（pyCharm不是必须的，如果你没有，那么建议不用安装了）。注意安装时最好把360之类安全软件暂停掉，以免误伤。
1.1使用pycharm：
打开pycharm：file–>new project 新建项目。选择conda环境，如图：
点击左下的Terminal：输入
conda install -c conda-forge pymol-open-source开始安装，途中会问你是否升级部分组件，输入y 回车即可继续安装
出现“done”表示安装完成，输入pymol打开软件：
1.2不使用pycharm：
搜索“命令提示符”右键管理员身份运行，如上图： d： 回车 #进入d盘 cd anaconda\Scripts 回车 #用cd命令进入conda环境 conda create --name xxx python=3.9 回车 #创建项目环境，xxx为项目名称 conda activate xxx 回车 #激活项目环境 conda install -c conda-forge pymol-open-source 回车 #安装pymol 之后类似 注：我的anconda安装在D盘的anaconda文件夹里面，因此cd路径为：“cd anaconda\Scripts”，你应该按照你的路径修改。 如果出现报错如下：在创建完环境后，即“conda activate xxx ”之前输入“conda init”，完毕后退出cmd，再走一遍上面的代码。
2 如何快速打开pymol
如上所述，pymol开源版本是没有一般应用程序的图标可以点开的，总不能每次打开都手动进入cmd激活conda环境，再输入“pymol”命令吧。可以利用bat文件：
我们在桌面新建一个.txt文本文件，打开它，输入如下代码：
start cmd /c "conda init"
start cmd /c "d:"
start cmd /c "cd anaconda\Scripts"
start cmd /c "conda activate xxx && pymol"这是什么意思呢？start cmd / c 是执行cmd命令的前缀，其中/c表示执行完毕关闭窗口，对应/k. 而conda init 是初始化一下环境以免出现前述报错。d：进入D盘，cd anaconda\Scripts 进入conda环境，最后一条是激活conda环境并运行pymol。因此如下几点需要注意：
- 你应该按照你的conda安装路径修改其中第三条，如果不在d盘而是在c盘，则第二行不需要。
- 这里面已经没有conda activate xxx了，因为之前按照pymol已经创建了名为xxx的环境，现在只需要激活它即可
- xxx是你安装pymol的环境的名字
保存该文件，重命名，将后缀“.txt”修改为“.bat”
之后点击该文件即可打开pymol